Der berühmt berüchtigte Frettchengeruch stammt zu einem - besonders bei unkastrierten Rüden von den Geschlechtsteilen - und zum anderen durch die Analdrüsen. Der Geruch aus der Analdrüse wird von den Tieren aufgrund einer Sekretabsonderung freigesetzt. Dies geschieht beispielsweise bei Streitigkeiten oder extremer Angst etc. Dieser "verduftet" jedoch nach einigen Minuten und ist daher nicht erwähnenswert.

Die Analdrüsen dürfen, nach dem Tierschutzgesetz, ohne medizinische Notwendigkeit nicht entfernt werden! Die Menschen die den eigentlichen Frettchengeruch nicht ertragen, brauchen kein Tier!

Was die Reinlichkeit betrifft, so sind Frettchen eigentlich recht saubere Tiere und benutzen in der Regel eine Katzentoilette. Beim Freilauf in der Wohnung ist eine absolute Stubenreinheit, wie man sie bei Katzen kennt, jedoch nicht gegeben. Da Frettchen aber meistens nur bestimmte Ecken bevorzugen, kann man hier sein Glück mit dem Aufstellen einer Katzentoilette versuchen.